Al in 1939 ontstond in de Eerste Afdeling van het Koninklijke Nederlandse Landbouw Comité het voornemen over te gaan tot oprichting van een 'Documentatiebureau voor den Landbouw', dat de taak zou hebben objectieve gegevens te verschaffen aan alle instellingen en personen, die hiervan gebruik wensen te maken. Immers na de economische crisis van 1929 kwamen zowel landbouw als overheid spoedig tot de overtuiging, dat de prijsvorming voor landbouwproducten niet meer kon worden overgelaten aan het vrije spel van vraag en aanbod. De vaststelling en zelfs de beïnvloeding van deze prijzen maken echter een goed gefundeerde kennis aangaande de omvang van de productiekosten van de verschillende gewassen noodzakelijk. Een verbetering en uitbreiding van de bedrijfsdocumentatie en bedrijfsanalyse van de landbouwbedrijven was hiervoor onontbeerlijk.

Omtrent de medewerking van de andere landbouworganisaties (zowel financieel als anderzijds) bestond geen zekerheid, zodat in november 1940, in de vergadering van de Eerste Afdeling van het Koninklijke Nederlandse Landbouw Comité het besluit genomen werd, over te gaan tot oprichting van een 'Algemeen Documentatiebureau van de Nederlandsche Landbouw'. Met het oog op het objectieve karakter van dit bureau, zou deze instelling dus betrekkelijk onafhankelijk van de georganiseerde landbouw moeten staan. De stichtingsvorm werd daarom als meest geschikte beschouwd. De Stichting zou bestuurd worden door een curatorium bestaande uit 7 - 15 leden, voor de eerste maal aan te wijzen door het Koninklijke Nederlandse Landbouw Comité. Het beheer van de stichting werd opgedragen aan een bestuur van drie personen.

In afwachting van de definitieve oprichting, die door organisatorische en juridische kwesties veel tijd vorderde, werd al op 1 december 1940 met de werkzaamheden begonnen. Ter wille van de beknoptheid en duidelijkheid werd de naam van de stichting gekozen: Landbouw-Economisch Instituut (LEI), met als ondertitel: Instituut voor economische studie en documentatie voor den Nederlandsche Landbouw. Als directeur werd benoemd drs. J. Horring. Voorhands werd het LEI op zeer bescheiden voet opgezet, met naast de directeur slechts een administratieve kracht. Een samenwerking met de Landbouw Economische Voorlichtingsdienst van de directie van de Landbouw, met de Accountantsdienst (Afdeling Kostprijsonderzoek) en met het Economisch-Statistisch Bureau werd vanaf het begin als nuttig geoordeeld, zowel om te komen tot uitwisseling van gegevens, als om doublures in de landbouw-economische research te verhinderen.

Reeds dadelijk na de oprichting van het LEI, toonden zowel de overheid als de andere landbouworganisaties veel belangstelling voor de nieuwe instelling. In januari 1941 verleende de directeur-generaal van de Voedselvoorziening het LEI de opdracht een onderzoek in te stellen naar de kostprijzen van de akkerbouwproducten, oogst 1941. De medewerking van de regeringsdiensten, i.c. Accountantsdienst en directie van de Landbouw werd toegezegd; de kosten van het onderzoek zouden geheel door de regering gedragen worden.

In een vergadering van 10 april 1941 van de besturen van de drie Centrale Landbouworganisaties met de directeur-generaal van de Landbouw, kwam men overeen, het bestaande LEI om te bouwen tot een orgaan dat organisatorisch en financieel gedragen zou worden door overheid en georganiseerde landbouw gezamenlijk. De instelling zou een strikt objectief-wetenschappelijk karakter hebben en daarom vrij zijn van elke tendens in welke richting dan ook. De vorm van stichting zou, gezien de noodzakelijke onafhankelijke positie, behouden blijven. Het benodigde kapitaal zou gefourneerd worden door overheid en landbouw gezamenlijk.

Taken

De taak van het LEI zou voorlopig in hoofdzaak bestaan in onderzoekingen op het gebied van de productiekosten van de belangrijkste voortbrengselen van akkerbouw en veehouderij. Dit met een tweeledig doel. In de eerste plaats om een feitelijke grondslag te verkrijgen voor de bepaling van de prijzen van de producten in een geordende economie. In de tweede plaats om het mogelijk te maken de bedrijfsvoorlichting in economische richting te verbeteren. De leiding van deze arbeid zou berusten bij het bestuur van de stichting. Het aantal bestuurszetels zou gelijk verdeeld worden tussen overheid en de georganiseerde landbouw.

In mei 1941 werd een begin gemaakt met de reorganisatie van het LEI. Einde 1941 was de Stichting Landbouw-Economisch Instituut, door goedkeuring van de akte van oprichting en van de statuten door de procureur-generaal, definitief een feit geworden.

Bestuur

Het bestuur van het LEI bestond uit twee colleges: het Algemeen Bestuur en het Dagelijks Bestuur. De taakverdeling tussen het Algemeen Bestuur en het Dagelijks Bestuur was in de praktijk zo gegroeid, dat het Algemeen Bestuur in hoofdzaak een toezicht houdende functie uitoefende, terwijl het Dagelijks Bestuur de meeste beleidsbeslissingen nam.

In artikel 1 van de statuten werd de taak als volgt omschreven: 'De Stichting Landbouw-Economisch Instituut heeft ten doel het bevorderen van de kennis van bedrijfseconomische en sociaal-economische verschijnselen en vraagstukken, betrekking hebbende op of van betekenis zijnde voor de Nederlandse landbouw in de ruimste zin, of daarmede op enigerlei wijze in verband staande. Zij tracht dit doel te bereiken door het verzamelen, bewerken en publiceren van statistische en andere gegevens, daarvoor van belang en voorts door alle andere geoorloofde middelen, welke zij daartoe dienstig zal achten'.

Onderzoekingen

De onderzoekingen van het LEI omvatten:

I. Algemeen economisch onderzoek

Dit onderzoek stelde zich ten doel het bestuderen van de algemene economische aspecten van de Nederlandse Landbouw.

II. Streekonderzoek

Het doel van dit onderzoek was het nagaan van de oorzaken, waardoor een agrarische streek niet zo functioneert als gewenst is. Het onderzoekingswerk was gericht op het opsporen van alle regionaal gebonden factoren, die voor de welvaart in agrarische streken van betekenis zijn.

III. Bedrijfseconomisch onderzoek in de landbouw

a. Enerzijds steunde dit onderzoek op de gegevens, ontleend aan fiscale boekhoudingen, welke verstrekt werden door het Landbouwboekhoudbureau. Dit onderzoekingswerk omvatte het geven van richtlijnen voor een rationele bedrijfsvoering in de landbouw. Uit de gegevens ontleend aan de fiscale boekhoudingen werden tevens de Statistiek van de Bedrijfsuitkomsten in de Landbouw samengesteld.

b. Anderzijds steunde dit onderzoek op de gegevens van de bedrijfsboekhoudingen. De zeer gedetailleerde boekhoudingen werden door het LEI in samenwerking met de Rijkslandbouwvoorlichtingsdienst bijgehouden. Dit onderzoekingswerk omvatte het samenstellen van kostprijsberekeningen, rentabiliteitsberekeningen, vergelijkende studies betreffende verschillende methoden van bedrijfsvoering, studies betreffende mechanisatie enz.

IV. Bedrijfseconomisch onderzoek in de tuinbouw

De organisatorische opzet van het bedrijfseconomisch onderzoekingswerk in de tuinbouw was dezelfde als die in de landbouw.

V. Economisch en sociaal onderzoek in de visserij

a. Algemeen economisch en sociaal onderzoek; dit onderzoek had tot doel enerzijds de bestudering van de algemene economische en de sociale aspecten van de Nederlandse Visserij (waaronder marktanalyse, buitenlandse oriëntatie, enz.) en anderzijds het nagaan van de oorzaken, waardoor bepaalde takken van visserij in ongunstige omstandigheden verkeren, teneinde maatregelen tot verbetering van de toestand te kunnen aangeven.

b. Bedrijfseconomisch onderzoek; dit onderzoek was gebaseerd op de gegevens van een beperkt aantal bedrijfsboekhoudingen, welke door het LEI werden bijgehouden, alsmede op een in te stellen bedrijfsresultatenstatistiek, ontleend aan fiscale boekhoudingen. Het onderzoek omvatte het samenstellen van kostprijsberekeningen, rentabiliteitsberekeningen, studies over de mogelijkheden van verbetering van de bedrijfsvoering, enz.

Organisatie na 1945

Qua organisatie bestond het LEI na de bevrijding uit twee afdelingen, n.l. de Afdeling Documentatie en Calculatie, welke in zekere zin een voorzetting was van het instituut in zijn oorspronkelijke omvang, met daarnaast voor het eigenlijke researchwerk de Afdeling Wetenschappelijk Onderzoek. Als gevolg van de uitbreiding van de werkzaamheden werd de organisatie in 1947 aangepast. Vanaf dat jaar bestond LEI uit de volgende organisatorische hoofdelementen:

1. Algemeen Economisch Onderzoek

2. Streekonderzoek

3. Bedrijfseconomisch onderzoek in de landbouw

4. Tuinbouw

5. Visserij

6. Statistiek en Documentatie

7. Algemene zaken

Ten behoeve van de samenstelling van het werkprogramma van de verschillende onderzoeksafdelingen en de opzet van afzonderlijke onderzoekingen werden het bestuur en de directie bijgestaan door commissies van advies.

Ministeriële Stichting

Met ingang van 1 januari 1971 werd het LEI omgezet van een private stichting in een 'Ministeriële Stichting'. Hierdoor kreeg het instituut dezelfde rechtspositie als vele andere onderzoeksinstituten van het Ministerie van Landbouw en Visserij. De aard van de werkzaamheden van het LEI ondergingen door deze gewijzigde rechtspositie geen veranderingen. Het doel van het economisch onderzoek werd in artikel 3 van de nieuwe statuten op dezelfde wijze geformuleerd als in de oude statuten. Ook bleef de interne organisatiestructuur ongewijzigd.

Per 1 januari 1973 werd de Sectie Bosbouw gevoegd bij de Afdeling Visserij. (nieuwe naam: Afdeling Visserij en Bosbouw). Na een reorganisatie van de onderzoektaken veranderde per 1 april 1974 de Afdeling Streekonderzoek in Afdeling Structuuronderzoek.

Vanaf 1986 werd bekend dat het landbouwkundig onderzoek in principe in aanmerking kwam voor wat genoemd werd 'verzelfstandiging'. Pas 10 jaar later vond de formele besluitvorming plaats waarbij de integratie van de Dienst Landbouwkundig Onderzoek (DLO) en de Landbouwuniversiteit Wageningen (LUW) en de proefstations werd voorgesteld. Daarmee werd de weg geopend naar de vorming van een Kenniscentrum Wageningen (KCW). Uiteindelijk werd per 1 april 1999 de lang voorbereide verzelfstandiging van het LEI en de andere instituten binnen de Stichting Landbouwkundig Onderzoek een feit. Het LEI ging vanaf die datum als een zelfstandige business unit binnen Wageningen Universiteit en Research Centrum functioneren.