Na de Duitse inval had op 13 mei 1940 de gehele Nederlandse regering "het land verlaten teneinde van het buitenland uit den strijd voor onafhankelijkheid en het herstel van de vrijheid voort te kunnen zetten". De regering werd aanvankelijk alleen ondergebracht in Grosvenor House; in juni kreeg men de beschikking over diverse andere gebouwen in Londen. Het departement van Binnenlandse Zaken was achtereenvolgens gehuisvest in Grosvenor House, Stratton House, Arlington House en Mexborough House.

In de eerste jaren waren er weinig mensen in dienst. De ambtelijke top was voor het overgrote deel in Nederland achtergebleven. Het personeel bestond uit Engelandvaarders, Nederlanders die in Engeland woonden, Nederlanders die uit Nederlands-Indië gehaald waren en Engelsen. De laatsten werden vooral ingezet in functies als bode, chauffeur en typiste.

De werkzaamheden van de regering waren in de eerste oorlogsjaren gering. Er was weinig contact met Nederland en men dacht dat de oorlog snel voorbij zou zijn. Hierdoor kregen enkele ministers de zorg over meerdere departementen en veranderde de samenstelling van de departementen vaak.

Gedurende de eerste twee jaren van het verblijf van de Nederlandse Regering in Londen waren de werkzaamheden van beide ministeries nog van beperkte aard, hetgeen te begrijpen valt als men bedenkt, dat vooral in die periode het contact met Nederland nog uiterst gering was en de onderwerpen welke tot de normale taak van beide departementen behoorden, over het algemeen weinig werkzaamheden in het buitenland met zich meebrachten. De voornaamste taak, het binnenlands bestuur, werd uitgevoerd door het achtergebleven departement van Binnenlandse Zaken in Nederland dat begin 1943 voor het grootste deel naar Apeldoorn verhuisde.

Zeker in de begin periode werden veel commissies en overlegorganen ad hoc ingesteld zonder expliciete taakomschrijving. Wet- en regelgeving vond in gezamenlijk overleg plaats, wat er op neer kwam dat meerdere departementen zich ermee bezig hielden. Er was niet in alle gevallen een duidelijke scheiding van taken.

Hendrik van Boeyen werd tijdens het vierde kabinet Colijn in 1937 minister vanBinnenlandse Zaken 6 . In mei 1940 vluchtte hij als enige van Binnenlandse Zaken naar Londen, hoewel er enkele hoge ambtenaren klaarstonden om hem te begeleiden. Van Boeyen was bovendien sinds 3 september 1940 a.i. minister van Algemene Zaken. In 1941 werd Van Boeyen tijdelijk belast met de zorg van het Ministerie van Defensie, wat later gesplitst werd in Oorlog en Marine.

In die beginperiode hield het Ministerie van Binnenlandse Zaken zich voornamelijk bezig met zaken, betrekking hebbende op de organisatie van de regering zoals die in Londen functioneerde en met de zorg voor Nederlanders die zich buiten Nederland bevonden.

De Nederlandse regering in ballingschap bood, net als voor de oorlog, onderstand aan Nederlanders in het buitenland zoals Roemenië, België, Algiers en China en omringende landen. Deze taak lag bij Binnenlandse Zaken, het "Bureau ondersteuning van behoeftige
Nederlanders in het buitenland" viel onder de afdeling Armwezen. De ondersteuning geschiedde "ter voorkoming van hunne uitleiding naar het vaderland wegens armlastigheid".

De grote groep Nederlandse vluchtelingen verspreidde zich over een deel van (onbezet) Europa. Via België en Frankrijk kwam men in Zwitserland, Zweden, Spanje en Portugal. De meesten meldden zich vrijwillig bij de Nederlandse Strijdkrachten of bij de Nederlandse
Koopvaardij. Zij die daar niet geschikt voor waren reisden door naar Curaçao en, via Jamaica, naar Suriname. Het toezicht op de vluchtelingen berustte bij het gezantschap in het betreffende land, de verantwoordelijkheid lag bij de minister van Binnenlandse Zaken.

De Nederlanders die naar Engeland kwamen werden Engelandvaarders of Overgekomen Nederlanders (ON) genoemd. Sommigen waren rechtstreeks vanuit Nederland, door middel van vliegtuigen en schepen, in Engeland aangekomen. De meesten kwamen via de neutrale landen zoals Zwitserland, Spanje, Portugal en Zweden. De Engelandvaarders konden zich niet vrij bewegen in Engeland, zij werden eerst verhoord door de MI-5, de Engelse inlichtingendienst, later door de Centrale Inlichtingendienst en het Bureau Derksema. Deze maatregelen werden genomen omdat er zich regelmatig Duitse agenten bevonden onder de vluchtelingen. Tevens konden de Engelandvaarders nuttige informatie leveren voor het Bureau Documentatie betreffende de situatie in het bezette Nederland. De Engelandvaarders werden na verhoor ondergebracht in tehuizen. Deze tehuizen stonden onder zorg en toezicht van de minister van Binnenlandse Zaken. De bedoeling van de tehuizen was de Engelandvaarders, voordat "zij hun taak hier in Engeland gaan vervullen, een rustig verblijf in Hollandsche sfeer te verschaffen.

In het Spaarbesluit 1941 van 28 februari 1941 werd een Spaardienst van rijkswege voor de in Groot-Brittannië en Noord-Ierland verblijvende Nederlanders ingericht. De minister van Binnenlandse Zaken was samen met de minister van Financiën belast met de uitvoering van dit besluit.

n de loop van 1942 en daarna breidde de taak van het departement zich gestadig uit, niet alleen door de intensivering van de zorg voor de vluchtelingen en de geleidelijke groei van het ambtelijk apparaat in Engeland, maar ook omdat men zich meer en meer ging concentreren op de terugkeer naar Nederland. Dit laatste bracht een vrij omvangrijke wetgevende arbeid met zich mee en een zich steeds uitbreidende documentatie over de staatsorganisatie in Nederland en de overheidsfunctionarissen aldaar.

Op 31 mei 1944 (Stcrt. no. 5) kreeg Van Boeyen eervol ontslag als minister van Binnenlandse Zaken en werd hij definitief minister van Algemene Zaken. Mr. J.A.W. Burger werd aangesteld als minister van Binnenlandse Zaken. Hij had tijdens de bezetting een advocatenpraktijk in Dordrecht. In mei 1943 stak hij over naar Engeland waar hij met ingang van 16 augustus 1943 werd benoemd tot minister zonder Portefeuille. Bij koninklijk besluit van 3 juni 1944 werden verschillende taken van Binnenlandse Zaken overgedragen
aan het Ministerie van Algemene Zaken.

Op 27 januari 1945 kreeg mr. J.A.W. Burger eervol ontslag, mede naar aanleiding van zijn ideeën over het zuiveringsbeleid. Door het aftreden van Burger op 27 januari 1945 werd Van Boeyen minister van Binnenlandse Zaken a.i. Bij de vorming van het derde kabinet
Gerbrandy op 23 februari 1945 werd Dr. L.J .M.Beel minister van Binnenlandse Zaken.