Per 1 januari 2003 structuurwijziging tot baten-lastendienst en afstoting van vaccin levering- en ontwikkeling aan het per 1 januari 2003 ingestelde Nederlands Vaccin Instituut. Per 1 januari 2011 zijn de publieke taken m.b.t. vaccin levering -en ontwikkeling (m.u.v. de productie van vaccins) weer teruggebracht bij het RIVM

De organisatieopbouw van het RIVM in 2012 was als volgt; Het RIVM staat onder leiding van een Directeur-Generaal (DG). De Chief Financial Officer (CFO) is tevens plaatsvervangend Directeur-Generaal (pDG) en is verantwoordelijk voor de bedrijfsvoering en vervangt de DG bij diens afwezigheid. Onder de DG ressorteren:

a.de CFO/pDG;

b.het Directielid Volksgezondheid en Zorg;

c.het Directielid Infectieziektebestrijding en Vaccinologie;

d.het Directielid Milieu en Veiligheid;

e.de stafeenheid Bureau Directieraad;

f.de stafeenheid Communicatie;

g.de stafeenheid Compliance;

h.de Programma-eenheid Inkoop Opslag en Distributie/ RegionaleCoördinatie Programma’s;

i.het Projectbureau Nieuwe Huisvesting RIVM.

Onder de pDG ressorteren:

a.de stafeenheid Organisatie en Personeel;

b.de stafeenheid Finance, Planning en Control;

c.de stafeenheid Bureau Bedrijfsvoering;

d.de stafeenheid I-organisatie;

e.de stafeenheid Facilitair Bedrijf.

Onder het hoofd van de stafeenheid Bureau Directieraad ressorteren de medewerkers van het Bureau alsmede de Chief Science Officers.

Onder het Directielid Volksgezondheid en Zorg ressorteren de volgende onderdelen:

a.Centrum Gezond Leven;

b.Centrum voor Bevolkingsonderzoek;

c.Kiesbeter;

d.Centrum voor Preventie- en Zorgonderzoek;

e.Volksgezondheid Toekomst Verkenningen;

f.Geneesmiddelen en Medische Technologie;

g.Centrum voor Voeding en Gezondheid;

h.Laboratorium voor Gezondheidsbeschermingsonderzoek;

i.Centrum voor Stoffen en Integrale Risicoschatting;

j.Nationaal Kenniscentrum Alternatieven voor Dierproeven.

Onder het Directielid Infectieziektebestrijding en Vaccinologie ressorteren de volgende onderdelen:

a.Epidemiologie en Surveillance;

b.Landelijke Coördinatie Infectieziektebestrijding;

c.Laboratorium voor Infectieziekten en Screening;

d.Laboratorium voor Zoönosen en Omgevingsmicrobiologie;

e.Vaccinologie.

Onder het Directielid Milieu en Veiligheid ressorteren de volgende onderdelen:

a.Centrum voor Externe Veiligheid;

b.Centrum voor Milieu Monitoring;

c.Centrum Inspectie-, Milieu en Gezondheidsadvisering;

d.Laboratorium voor Ecologische Risicobeoordeling;

e.Laboratorium voor Stralingsonderzoek;

f.Milieu, Gezondheid en Omgevingskwaliteit;

g.Stoffen Expertisecentrum.