De afdeling Waterstaat maakte vanaf oktober 1831 weer deel uit van het Ministerie van Binnenlandse zaken, nadat het een jaar was verbleven bij het Ministerie van Waterstaat, Nationale Nijverheid en Koloniën. Tussen 1848 en 1856 was de afdeling Waterstaat gesplitst in Afdeling A en Afdeling B met ieder aan het hoofd een referendaris. Afdeling A behandelde de zogenaamde 'natte waterstaat'. Afdeling B behandelde de 'droge' waterstaat, zoals wegen, spoorwegen (tot 1860), gebouwen en personeel.[1]
In 1856 wenste de toenmalige bewindsman deze verdeling weer ongedaan te maken, omdat er een te nauw verband bestond tussen de behandelde zaken. In dat jaar werd L.J.A. van der Kun met de titel 'hoofdinspecteur' benoemd zowel tot hoofd van de afdeling Waterstaat als tot chef van het korps ingenieurs (Rijkswaterstaat geheten vanaf 1848). Door deze combinatie nam de invloed van Rijkswaterstaat op het beleid aanzienlijk toe. Administratief bleven de twee subafdelingen echter voortbestaan tot 1865. De ingenieurs van Rijkswaterstaat verrichtten ook werkzaamheden voor de provincies, maar daaraan kwam in de jaren 1865-1882 geleidelijk aan een eind. De provincies moesten van het Rijk hun eigen provinciale waterstaatsdiensten oprichten. In 1876 werd besloten de in 1819 aan de provincies overgedragen werken weer in beheer en onderhoud terug te nemen bij het Rijk.[2]
De afdeling Waterstaat had een uitgebreid takenpakket. Zo hield Waterstaat zich bezig met beleid en uitvoering van werkzaamheden te water en te land. Na 1850 was het beleid van Waterstaat gericht op aanbevelingen van de inspecteurs L.J.A.van der Kun, J.H. Ferrand, F.W. Conrad en H.F. Fijnje. Zij hadden een tweetal rapporten gepubliceerd in 1854 en 1861 waarin werd gepleit voor normalisatie, kanalisatie en verbetering van de riviermonden. In 1875 werd het rivierbeheer zelfs onttrokken aan de regionale districten door de oprichting van de dienst Rivierbeheer onder een hoofdingenieur die leiding gaf aan vijf speciale rivierarrondissementen.[3]
Op het gebied van kanalen en scheepvaart werd in 1863 besloten om de scheepsverbindingen van Amsterdam en Rotterdam met de zee te verbeteren. Het Noordzeekanaal werd aanvankelijk door de particuliere Amsterdamse Kanaalmaatschappij uitgevoerd in concessie, maar in 1882 moest de Staat de lasten overnemen. Het project van de Nieuwe Waterweg werd bijvoorbeeld al vanaf het begin door het Rijk uitgevoerd (onder leiding van ingenieur P. Caland). De aanleg van kanalen gebeurde wel door derden waarbij de waterstaatsdienst toezicht en advies gaf. Naast kanalen en rivieren onderhield Waterstaat ook de zeeweringen. Het beheer en onderhoud van zeeweringen gebeurde vanaf 1819 door de provincies, maar in 1876 kwamen veel projecten weer in eigen beheer. Er waren echter uitzonderingen, waarbij regionale waterschappen met het dijkbeheer waren belast. Rijk en provincies subsidieerden soms de waterschappen in het belang van een goed dijkbeheer, zoals de zogenaamde 'calamiteuze polders' in Zeeland.[4]
De aanleg van wegen stagneerde rond 1855, doordat een netwerk van verharde nationale wegen voltooid was. Het wegennetwerk zou pas in de twintigste eeuw weer gaan groeien door het toenemende autoverkeer. Ook lag de focus van Waterstaat op de uitbreiding van het spoorwegnet. De toenemende bemoeienis van het Rijk met de spoorwegen zorgde ervoor dat eind 1860 binnen Binnenlandse Zaken de een (11e) afdeling Spoorwegen werd opgericht, afgescheiden van de 3e afdeling Waterstaat.[5] Het verlenen van vergunningen, concessies en houden van toezicht op het verkeer en vervoer te land en te water gebeurde in de eerste helft van de 19de eeuw door de afdeling Nijverheid van het departement van Binnenlandse Zaken (tot 1824 en vanaf 1846) of bij dat van Financiën (1824-1845). De afdeling Waterstaat werd wel vaak betrokken bij de technische aspecten die bij deze administratie kwam kijken.[6]
Verder viel de zorg voor (een deel van) de landsgebouwen van 1815 tot 1922 onder de administratie van de Waterstaat. Overige werkzaamheden was de bemoeienis met door het Rijk gesubsidieerde kerkgebouwen. Daar hielden de ingenieurs en opzichters van de waterstaat zich van 1824 tot en met circa 1870 bezig met het beoordelen van ontwerpen (soms ook de opmaak), de controle van bestekken, begrotingen en het toezicht op de uitvoering. Op het departement zelf werd deze bemoeienis meer beschouwd als een `oneigenlijke' activiteit van de dienst.[7]
De Rijkswaterstaatsdienst maakte vanaf 1839 gebruik van 'Algemene Voorschriften' van de Waterstaat voor de opstelling van bestekken. Deze werden later regelmatig aangepast. Sommige waterstaatswerken werden in concessie uitgevoerd, maar wel onder toezicht van het Rijk. Tot 1860 werden grote werken als regel in meerdere duidelijk afgebakende bestekken aanbesteed en waren verscheidene aannemers erbij betrokken. Na dat jaar ging het Rijk bij omvangrijke projecten liever met één partner in zee. Dit leidde tot schaalvergroting: verscheidene aannemers gingen als vennoten een firma vormen, die wel in staat was grote werken uit te voeren.[8]
