Het takenpakket van de afdeling Waterstaat bestond voornamelijk uit de taken van de afdelingen Waterstaat en Spoorwegen zoals die ressorteerde onder het Ministerie van Binnenlandse zaken tot 1877. Vanaf 1898 kwamen hier ook taken bij voor de landsgebouwen.

De Afdeling Waterstaat hield zich voor een groot deel bezig met ‘natte’ waterstaatswerken. Zo werd in 1863 besloten de scheepsverbindingen van Amsterdam en Rotterdam met de zee te verbeteren. Het Noordzeekanaal werd aanvankelijk door een particuliere instantie, de Amsterdam­se Kanaalmaatschappij, in concessie uitgevoerd, maar in 1882 moest de Staat de lasten overne­men. De Nieuwe Waterweg werd van meet af aan door het Rijk uitgevoerd, en wel onder leiding van ingenieur P. Caland die als projectleider als het ware uit de vaste organisatie van Rijkswaterstaat was losgemaakt. Van 1881-1893 werd ook de aanleg van het Merwedekanaal door middel van een projectorganisatie gerealiseerd.

Daarnaast hield Waterstaat zich bezig met ‘droge’ waterstaatswerken, zoals sporen en wegen. Onder de afdeling Waterstaat werd tegen 1880 de grote sporen van het spoorwegennetwerk voltooid. De exploitatie van spoor-en tramwegen bleef een zaak van particulieren maatschappijen. De afdeling Waterstaat hield hier wel toezicht op.

Verder regelde Waterstaat ook het vervoer te water en te land. In 1900 nam het wegvervoer toe, waardoor de overheid zich genoodzaakt zag zich te bemoeien met het personen-en goederenvervoer over de weg. Daarom bepaalde de minister van WHN in 1898 dat personen alleen met zijn toestemming op de wegen mochten rijden met een mechanisch voortbewogen voertuig. Tot 1890 moest men ook vergunningen aanvragen voor het uitbaten van openbare vervoersdiensten, maar dit werd later beperkt door het voorschrijven van veiligheidsvoorschriften.

Waterstaat verzorgde ook toezicht op het verkeer en vervoer te water. In 1891 kwam er een algemeen politiereglement voor rivieren, kanalen, havens, sluizen en bruggen tot stand. Ambtenaren van de Waterstaat en havenmeesters moesten dit reglement (naast rijks- en gemeentepolitie) naleven. Daarbij onderhield Waterstaat ook financiële aspecten van het verkeer. Al werden in 1899 en 1900 de tollen op de kanalen en wegen van het Rijk afgeschaft. Aan particulieren, die wegen wilden aanleggen en exploiteren, werd door toen nog wel tolheffing verleend tot in de twintigste eeuw. Het financieel beheer over de openbare middelen van vervoer viel daarentegen onder het departement van Financiën.[1]