Het Ministerie van Binnenlandse Zaken fungeerde vanaf 1825 t/m 1923 als een zelfstandig ministerie. Voor 1825 was Binnenlandse Zaken meerdere malen samengevoegd met andere beleidsterreinen, zoals onderwijs en waterstaat. Vanaf april 1826 fungeerden, naast de afdeling Centraal Beheer, een zevental administraties die met een letter werden aangeduid. In juli 1826 kwam daar Rooms-Katholieke Eredienst nog bij. Dit was een nogal opportunistische toevoeging aan het toch al zo heterogene takenpakket van het ministerie.[1]
Na de Belgische opstand en de feitelijke afscheiding van de zuidelijke provincies werden twee bezuinigingscommissies ingesteld in oktober 1830 en begin 1832. Van de aanbevelingen van beide commissies kwam in de praktijk weinig terecht. Wel werd de aanbeveling om de functie van de te zelfstandig geachte administrateurs op te heffen gerealiseerd. Ook werd de formatie van het ministerie fors ingekrompen door het ontslag van de Zuid-Nederlandse ambtenaren die ruim 40% van het personeel uitmaakten. Per 1 oktober 1831 keerde ten slotte de administratie van de Waterstaat terug naar Binnenlandse Zaken.[2]
In september 1831 werd bij de organisatiestructuur van Binnenlandse Zaken per Koninklijk Besluit vastgelegd. Deze structuur zou in grote lijnen tot 1877 gehandhaafd blijven. Naast de Generale Secretarie en het Kabinet kwamen er nu acht afdelingen, die onder leiding stonden van een referendaris en met een nummer werden aangeduid.[3]
In de jaren-1860 wist Binnenlandse Zaken zich met succes te verzetten tegen pogingen het departement een aantal taken te ontnemen. Vooral Thorbecke verzette zich hier tegen als minister van Binnenlandse Zaken (1862-1866). In de jaren-1870 voerde secretaris-generaal P.F. Hubrecht administratieve verbeteringen door. Zo kwamen er ambtsexamens voor de bij het ministerie werkzame ambtenaren, een reglement op het beheer van het archief en de bibliotheek en instructie voor het inrichten van agenda, index en klapper. In 1877 kwam het na de vorming van het kabinet-Kappeyne van de Coppello tot de omvangrijkste aderlating in de geschiedenis van Binnenlandse Zaken. De afdelingen Waterstaat, Spoorwegen en Nijverheid (de laatste inclusief de landbouw) gingen over naar het nieuw gevormde Ministerie van Waterstaat, Handel en Nijverheid. Het aantal vaste personeelsleden liep daardoor terug van 113 naar 73.[4]
Binnenlandse Zaken telde eind 1877, naast het Kabinet en de Generale Secretarie, nog zeven afdelingen: Algemene Zaken en Comptabiliteit (AZC), Binnenlands Bestuur (inclusief Armwezen, dat de status van onderafdeling verloor), Militie en Schutterijen, Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen, Medische Politie, Statistiek. In de loop van de jaren werden steeds meer taken en afdelingen overgeheveld naar andere ministeries. Resterende taken die door de verschuivingen wel bij Binnenlandse Zaken bleven werden vaak onder de afdeling binnenlands bestuur geplaatst die een steeds groter takenpakket kreeg.[5]
Na 1900 nam het budget van het departement sterk toe als gevolg van de toenemende subsidiëring van (vooral het bijzonder) onderwijs en hogere uitgaven ten behoeve van armenzorg en volksgezondheid. In 1910 werd voor de twee laatste beleidsterreinen de nieuwe afdeling Volksgezondheid en Armwezen opgericht (afgescheiden van de afdeling Binnenlands Bestuur). Eind 1913 vond een concentratie plaats bij de beheersafdelingen: er kwam één afdeling Algemeen Secretariaat en Comptabiliteit, waarvan de chef als regel ook fungeerde als hoofd Kabinet.[6]
Met de grondwetsherziening van 1917 was een eind gekomen aan de strijd over de financiële gelijkstelling van het openbaar en bijzonder onderwijs. De noodzaak om de vigerende onderwijswetgeving in overeenstemming te brengen met de nieuwe Grondwet alsmede de toegenomen bemoeienis met het onderwijs, leidden in 1918 tot de oprichting van het nieuwe departement van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen, samengesteld uit twee voormalige afdelingen van Binnenlandse Zaken. Eveneens in 1918 werd het departement van Arbeid opgericht: hieraan verloor Binnenlandse Zaken opnieuw een belangrijk beleidsterrein, namelijk de volksgezondheid. Na deze nieuwe aderlatingen kende het departement in 1918 nog slechts drie afdelingen: Algemeen Secretariaat en Comptabiliteit, Binnenlands Bestuur, Armwezen. De personeelsformatie werd in 1921 vastgesteld op slechts 24 ambtenaren.[7]