De Auditdienst van OCW is een onafhankelijke dienst binnen het ministerie, die onderzoek doet naar alle aspecten van de bedrijfsvoering, de uitvoeringsregie en de beleidsprocessen van het ministerie. Op deze manier wordt aanvullende zekerheid verschaft aan het management van OCW over de beheersing van hun processen en projecten en worden adviezen gegeven ter verbetering van de bedrijfsvoering. De auditdienst bestaat uit drie afdelingen, onderzoek, rekenschap en accountancy en certificering.