De FEZ is verantwoordelijk voor het begrotingsproces en bewaakt de uitkomsten hiervan. Tevens is de directie verantwoordelijk voor de interne planning en controle-cyclus van het ministerie. Vanuit de financiële expertise ondersteunt zij de ambtelijke leiding over alle aspecten van beleid en bedrijfsvoering. Dit gebeurt zowel op het niveau van de DG als op het niveau van de SG.