In artikel 10 van de Schepenwet van 1 juli 1909 (Stb. 219) werd gesteld dat alle schepen aan een voortdurend toezicht van Rijkswege waren onderworpen en dat dit toezicht, onder de 'bevelen van de minister', moest worden uitgevoerd door een Inspecteur-Generaal van de Scheepvaart, tevens hoofd van de Scheepvaartinspectie. De taken zijn gedurende de oorlogsjaren en kort daarna ondergebracht geweest bij de departementen welke verantwoording droegen voor scheepvaartaangelegenheden. Blijkens de Staatsalmanak van 1947 ressorteerde de Scheepvaartinspectie onder het per 3 juli 1946 opgerichte (KB van 18 juli 1946, Stb. no. G. 186) Directoraat-Generaal van Scheepvaart. In feite echter was het Directoraat de departementsdienst waar de scheepvaartinspectie gebruik van maakte wanneer deze dienst zich tot de Minister richtte. De Inspecteur-Generaal van Scheepvaart had geen verantwoording af te leggen aan de Directeur-Generaal van Scheepvaart maar direct aan de Minister. Formeel had de Directeur Generaal van Scheepvaart geen ambtelijke beleidsinvloed.Vanaf haar ontstaan is de Scheepvaartinspectie voor de uitvoering van de haar toegewezen taken onderverdeeld geweest in een viertal districten, het Ie District (Amsterdam), het IIe District (Rotterdam), het IIIe District (Groningen), het IVe District (IJmuiden) en een Hoofd Scheepvaartinspectie Nederlandse Antillen.De dienst was voornamelijk belast met uitvoering van de Schepenwet en daaruit voortvloeiende regelingen. De uitvoering hield onder meer in: het uitoefenen van toezicht op nieuwbouw, verbouw en reparatie van zeeschepen, het houden van periodieke inspecties met het oog op certificering van schepen, het doen van vooronderzoek naar scheepsrampen (voor overdracht aan de Raad voor de Scheepvaart), en de uitvoering van het Schepelingenbesluit (voorschriften met betrekking tot verblijven en monstering).In juli 1966 werd bij besluit van de minister van Verkeer en Waterstaat houdende reorganisatie van de Scheepvaartinspectie d.d. 20 juni 1966, nr. 4180 KAB, de Scheepvaartinspectie formeel onder de Directeur Generaal van Scheepvaart geplaatst. De toenmalige minister beoogde hiermee een vereenvoudiging van de organisatie binnen het departement.