Op 6 april 1814 veranderde het Commissariaat-Generaal voor Binnenlandse Zaken naar het Secretariaat van Binnenlandse Zaken. W.F. Röell was op 29 maart 1814 al benoemd tot secretaris van staat door Willem I. Onder leiding van Röell werd in februari 1815 de organisatie van het departement omgevormd. Naast de secretaris (vanaf 1816 de secretaris-generaal) kwamen er vijf commissarissen. Elke commissaris werd belast met een deeltaak, zoals het binnenlands bestuur, het onderwijs, de geneeskunde, de landbouw en de kerkelijke zaken.

In de Zuidelijke Nederlanden fungeerde in 1814-1815 een afzonderlijke commissaris-generaal voor Binnenlandse Zaken. Na de vereniging van Nederland en België werden beide administraties samengevoegd tot één departement onder leiding van een minister. Het takenpakket van Binnenlandse Zaken werd toen ingekrompen, omdat de erediensten en onderwijs, kunsten en weten­schappen zelfstandige administraties gingen vormen.[1]