De stichting heeft ten doel dieren te beschermen in de ruimste zin van het woord en hun belangen te behartigen. De stichting gaat hierbij uit van de eigen waarde van het dier, los van de nutswaarde die het dier voor de mensen mag bezitten. Dieren behoren met respect te worden behandeld als zelfstandige wezens met gevoelens, bewustzijn en integriteit. Gezondheid en het welzijn van het individuele dier staan hierbij centraal.

De stichting tracht haar doel onder meer te bereiken door:
a. het uitoefenen van controle en het houden van toezicht op de juiste naleving van de wet- en regelgeving gericht op dierenwelzijn;
b. het opsporen van strafbare feiten waarbij inbreuk wordt gemaakt op dierenwelzijn;
c. het ontlokken van jurisprudentie ter zake van de wet- en regelgeving gericht op dierenwelzijn; een en ander overeenkomstig de doelstellingen, visie en het beleid van de stichting en de Dierenbescherming.

De publieke bevoegdheden worden volledig genormeerd door de daarop van toepassing zijnde wettelijke vereisten en regelingen en vinden plaats zonder betrokkenheid van het bestuur van de stichting. De inspectiedienst van de stichting bestaat uit toezichthouders als bedoeld in de Algemene Wet Bestuursrecht (AWB) en buitengewoon opsporingsambtenaren. De inspectiedienst is ingebed in een keten van handhavers vanuit de overheid en derhalve gebonden aan gezamenlijk vastgestelde kaders. De toezichthouders rapporteren rechtstreeks aan de minister van LNV.
Buitengewoon opsporingsambtenaren- rapporteren rechtstreeks aan het OM.
Gedurende een strafrechtelijk onderzoek staan de buitengewoon opsporingsambtenaren onder gezag van de minister van J&V. De minister van J&V kan handhaven in de vorm van dwangbesluiten. Uiteindelijk is het de rechter die toetst of er sprake is van onrechtmatig en/of strafbaar handelen.