In het kader van het spreidingsbeleid verhuisden in 1969 de eerste ambtenaren van het toenmalige ministerie van Onderwijs en Wetenschappen naar Groningen. Deze dependance van het ministerie heette ‘Tegemoetkoming Studiekosten’. De ambtenaren van deze dependance beheerden de studietoelagen voor leerlingen van het voortgezet onderwijs.Een jaar later volgden 25 ambtenaren om op de afdeling Rijksstudietoelagen de toelagen voor het wetenschappelijk onderwijs en het hoger onderwijs te regelen. In 1973 werden de afdelingen Rijksstudietoelagen en Tegemoetkoming Studiekosten samengevoegd onder de naam Centrale Directie Studiefinanciering (CDS). In 1974 kwam ook de afdeling 'Centraal Bureau Aanmelding en Plaatsing' van Den Haag naar Groningen.Het beleid en de uitvoering van de Wet op de studiefinanciering waren eerder organisatorisch niet van elkaar gescheiden. Bij de uitvoering van de wet ontstonden in 1988 problemen, omdat de wet te snel ingevoerd moest worden. Als gevolg hiervan werd besloten om beleid en uitvoering te scheiden. In 1988 ontstond daarom de meer zelfstandige Informatiseringsbank. Hierin werden drie directies (waarvan de Centrale Directie Studiefinanciering de bekendste was) van het ministerie van Onderwijs en Wetenschappen samengevoegd.In 1992 gaf de secretaris-generaal van het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap, met de oprichting van BKO (Bekostingsorganisatie) uitvoering aan de opdracht van minister Jo Ritzen om beleid en uitvoering te scheiden. De organisatie werd gevestigd in Zoetermeer en kreeg hetzelfde jaar nog de naam CFI. Deze naam werd gebaseerd op de drie directies: Concern, Financiën en Infra, maar werd later de afkorting voor Centrale Financiën Instellingen.In 1994 ontstond de Informatie Beheer Groep (IB-Groep) uit de verzelfstandiging van de Informatiseringsbank tot een zelfstandig bestuursorgaan.In 1996 kreeg CFI de status van agentschap, DUO ontstond op 1 januari 2010 door een fusie van de Informatie Beheer Groep (IB-Groep) en CFI (Centrale Financiën Instellingen).