Volgens Algemeen organisatiebesluit Defensie 2005:

De Commandant Zeestrijdkrachten is belast met:

a.het met inachtneming van de aanwijzingen van de Commandant der Strijdkrachten geven van leiding aan het Commando Zeestrijdkrachten;

b.de gereedstelling en instandhouding van de zeestrijdkrachten;

c.het binnen de gestelde normen en kaders uitoefenen van zeggenschap over de door de dienstencentra op te leveren producten en diensten ter ondersteuning van het Commando Zeestrijdkrachten;

d.het beheer van de Kustwacht Nederland en de Kustwacht Caribische Gebied;

e.de advisering op het gebied van militair maritiem optreden.

Volgens subtaakbesluit Commando Zeestrijdkrachten 2010:

1. Het Commando Zeestrijdkrachten staat onder leiding van de Commandant Zeestrijdkrachten. Onverminderd artikel 11 van het Algemeen organisatiebesluit Defensie 2005 is de Commandant Zeestrijdkrachten belast met:

het, met inachtneming van de aanwijzingen en de richtlijnen van de Commandant der Strijdkrachten, geven van leiding aan het Commando Zeestrijdkrachten;

het bewaken van het protocol en de tradities van het Commando Zeestrijdkrachten;

het optreden als autoriteit maritiem optreden.

2. Tot het Commando Zeestrijdkrachten behoren tevens die militairen die namens het Commando Zeestrijdkrachten bij andere organisatie-elementen zijn geplaatst.

Anno 2012:

Het Commando Zeestrijdkrachten (CZSK) levert maritieme enkelvoudige of samengestelde eenheden. Deze eenheden kunnen op elk moment zelfstandig, 'joint' (samen met andere krijgsmachtdelen) of 'combined' (samen met andere naties) worden ingezet door de Commandant der Strijdkrachten (CDS), voorheen de Chef Defensiestaf. De CDS heeft de militaire leiding over de zee-, land-, en luchtstrijdkrachten. Hij bepaalt het operationele beleid en is verantwoordelijk voor de operationele planning, aansturing en inzet van de gehele krijgsmacht. De CDS is de hoogste militaire adviseur van de minister van Defensie.

Het CZSK richt zich primair op het leveren van een operationeel product aan de CDS: eenheden (basismodules) die klaar zijn om ingezet te worden. Met deze eenheden kan een heel scala van samengestelde eenheden worden gevormd, tot het maximum van een Maritiem Expeditionaire Taakgroep. Dit is een vervlechting van de vloot en het Korps Mariniers.

De kern en de kracht van het CZSK is: naadloos inpasbare eenheden samenvoegen tot een samengesteld operationeel geheel. Hiermee draagt het CZSK bij aan het expeditionair vermogen van de krijgsmacht als geheel. Het CZSK is in opdracht van de CDS in staat maatwerk te leveren voor operaties, waarbij het CZSK zich meer dan voorheen richt op het ondersteunen van landoperaties.