Bureau C. Militaire zaken bestond van januari 1842 t/m juni 1859. De rol van Koloniën bij de defensie van de koloniën was vrij beperkt en lag voor een belangrijk deel in het stellen van het financiële kader, dat op de Indische begroting beschikbaar was voor defensie. De marine was een rijkszaak, waarover een gedeelde verantwoordelijkheid lag bij de ministers van Marine en Koloniën. De eerste bepaalde welk deel van de vloot in bijvoorbeeld Oost-Indië aanwezig was, maar voor de inzet daarvan was de Gouverneur-Generaal als opperbevelhebber van landen zeemacht aldaar verantwoordelijk. Ook was de commandant zeemacht in Indië ondergeschikt aan de Gouverneur-Generaal en via deze aan de minister van Koloniën. Alle niet-administratieve correspondentie van de marine in Indië met Nederland verliep via het Ministerie van Koloniën naar dat van Marine, waar de inhoudelijke expertise zat.[1]

Wat de defensie te land betreft beschikte Indië sinds 1830 over een eigen leger: het Koninklijk Nederlandsch-Indisch Leger (KNIL). Het leger ressorteerde onder de Gouverneur-Generaal die met het ministerie overleg voerde over zaken betreffende de formatie en de inrichting van het leger in Nederlands-Indië. De werving voor het KNIL was in Nederland een zaak van het Ministerie van Oorlog dat daarvoor beschikte over het Koloniaal Werfdepot te Harderwijk. Het Ministerie van Koloniën was verantwoordelijk voor de verscheping naar de koloniën en de verificatie van de administratie van het depot.[2]