Het Ministerie van Koloniën werd opgericht in 1842. Koloniën was vanaf 1813 met verschillende beleidsterreinen samengevoegd geweest, zoals de marine. Vanaf 1842 tot 1940 zou koloniën zelfstandig als ministerie fungeren. Het ministerie kende begin 1842 naast het Kabinet en de Algemene Secretarie een zevental bureaus die met letters werden aangeduid. Later kwamen daar meer bureaus bij, zoals voor de geheime kabinetsstukken (bureau H) en de koloniale begrotingen (bureau I). Daarnaast ressorteerden ook twee technische bureaus voor koloniale bestellingen en remises, het Koloniaal Etablissement (ook wel koloniaal bureau of koloniaal magazijn) te Amsterdam en het Koloniaal Werfdepot te Harderwijk.
In juni 1859 werd de bureau-organisatie van Koloniën opnieuw vastgesteld. Vergeleken met de organisatie begin 1842 valt op te merken, dat de vroegere bureaus E, F en G zijn opgegaan in de bureaus A, B en C en dat de comptabele taken nu verdeeld zijn over liefst vier bureaus. In de jaren-1860 zijn in deze organisatie enige weinig ingrijpende wijzigingen aangebracht.
Van meer belang was de in 1874 doorgevoerde reorganisatie. Het bureau Oost-Indische Algemene zaken (A-Az) werd toen opgewaardeerd tot afdeling. De afdeling kwam onder leiding van een raadadviseur en werd tegelijk gesplitst in een drietal bureaus. Elk bureau had een referendaris aan het hoofd en verrichtte taken die behoorden tot de werkkring van de Oost-Indische departementen. De bestuursinrichting in Nederlands-Indië stond dan ook model voor de reorganisatie van het Ministerie van Koloniën. Het 1e bureau (A1) werd `de bestuurlijke kop in Nederland' op drie Indische departementen: a. Justitie b. Onderwijs, eredienst en nijverheid en c. Marine. Het 2e bureau (A2) behandelde zaken van het Indische departement van Financiën en de koloniale begrotingen. Het 3e bureau (A3) was belast met zaken van de departementen Binnenlands Bestuur en Openbare Werken. Kenmerkend aan de organisatie indeling was de geringe betekenis van het Kabinet. De leiding van het kabinet werd in 1874 opgedragen aan de chef van bureau A3.
Afgezien van de oprichting in 1878 van het Technisch Bureau en in 1893 van de Geneeskundige Commissie (later gewijzigd in Geneeskundige Raad), bleef de organisatie tot 1896 ongewijzigd. In april van dat jaar werden de bestaande bureaus (met uitzondering van het Kabinet en de bureaus Secretarie, Index/agenda en Archief) omgezet in afdelingen. Dit gold ook voor elk van de drie bureaus van de afdeling Oost-Indische zaken: deze afdeling als zodanig werd vervangen door drie zelfstandige afdelingen (A1, A2 en A3). In de jaren daarna hadden veranderingen in de departementale organisatie in Nederlands-Indië ook gevolgen voor de interne organisatie binnen Koloniën, zoals de oprichting van een nieuwe afdeling A4 voor zaken die in Nederlands-Indië ressorteerden onder het departement van Gouvernementsbedrijven (in 1908).[1]
Periode 1917-1940
Bij een nieuwe reorganisatie per 1 januari 1917 werd de `volgorde der afdeelingen van het IIde Hoofdstuk der Ind(ische) begrooting ... als leidraad genomen'.[2] Om die reden moest geschoven worden met de taken van de afdelingen, die voortaan niet meer met een letter maar met een cijfer werden aangeduid. Er kwamen nu, naast Kabinet en Algemene Secretarie, liefst 14 afdelingen, drie meer dan in de jaren ervoor. Bij de meeste daarvan was het takenpakket min of meer ongewijzigd ten opzichte van de voorganger. De bestaansperiode van sommige van de in 1917 gevormde afdelingen was erg kort.
Gedurende de jaren-1920 werd op Koloniën steeds meer de behoefte gevoeld aan een aparte hoofdambtenaar. Deze persoon zou dan rechtstreeks contact kunnen onderhouden met de gouverneur-generaal en de hoofden van departementen in Nederlands-Indië. Op deze manier konden de minister en secretaris-generaal ontlast worden. De introductie van een loco-secretaris-generaal in januari 1919 had in dit opzicht onvoldoende soelaas gebracht. Omdat de Indische regering ingevolge de Indische Staatsregeling van 1925 meer zelfstandigheid zou krijgen wenste de Raad van Indië, dat deze nieuwe verhouding weerspiegeld zou worden in een Indisch Agentschap in Nederland. In 1927 werd het Commissariaat voor Indische Zaken (CIZ) opgericht, dat alle departementstaken inzake uitzending naar Indië van mensen en materieel moest overnemen. De chef ervan bleef echter ondergeschikt aan de minister van Koloniën.
De oprichting van het CIZ had voor de organisatie van het ministerie grote gevolgen. De 8e, 9e en 12e afdeling gingen over naar het CIZ, waar ze de afdelingen C, B en D gingen vormen. De (3e) afdeling Comptabiliteit werd niet gesplitst; wel ging in 1935 een deel van de taak over naar de Directie Indische Pensioenfondsen, die onder het CIZ viel. Het Commissariaat voor Indische Zaken (CIZ), waaraan dus een fors gedeelte van de departementale taak was gedelegeerd, bestond eveneens uit een groot aantal afdelingen. Zo kende het een aparte afdeling (A) Algemene zaken en Kabinet. Het Technisch Bureau en het Koloniaal Etablissement waren nu als afdelingen E en F in het CIZ geïncorporeerd. Door deze veranderingen werden de bestaande afdelingen van het Ministerie van Koloniën opnieuw genummerd.[3]
