Op 29 november 1813 werd het Commissariaat-Generaal van Oorlog opgericht. In maart 1814 werd de organisatie gevormd. Er kwam een secretaris en vijf commissarissen. Daarnaast werd de commissaris-generaal van Oorlog (CGO) bijgestaan door de inspecteurs-generaal van de Artillerie, de Fortificatiën en de chef van het Geneeskundig Bestuur. Begin april 1814 besliste de Koning dat de ‘opperdirectie' over het departement bij de Prins van Oranje kwam te liggen. Bij zijn afwezigheid zouden zijn dagelijkse werkzaamheden worden waargenomen door de CGO.[1]
In het najaar van 1814 werd ook in de Zuidelijke Nederlanden een Commissariaat-Generaal van Oorlog opgericht. In de loop van 1815 werd het CGO in het zuiden verenigd met Oorlog in Den Haag.[2]
Het Commissariaat van Oorlog werd in juli 1815 gesplitst is twee ‘hoofdafdelingen’, want de werkzaamheden van het commissariaat waren te omvangrijk geworden. De ‘eerste hoofdafdeling’ bleef Het Commissariaat van Oorlog. De ‘tweede hoofdeling’ werd de Generale Intendance. Er ontstonden dus twee ‘halve departementen’ die beiden onder de opperdirectie van de Prins van Oranje stonden.[3]
Het Commissariaat van Oorlog bleef belast met de algemene zaken, het personeel en in het algemeen alles wat de defensie te land betrof. De 1e Afdeling Algemene Zaken en de 2e Afdeling Personeel van de Armee bleven onder leiding van de Commissaris-Generaal van Oorlog. Al veranderde de naam van de laatste afdeling in de 2e Afdeling Personele en Militaire Zaken. Daarnaast werd een nieuwe afdeling opgericht genaamd de 3e Afdeling Artillerie en Genie.[4]
De Generale Intendance werd belast met de administratie van het materieel en de gehele comptabiliteit. De 3e Afdeling Soldijen, administratie en controle, de 4e Afdeling Voeding, Huisvesting, Kleding en Remonte van de Armee en de 5e Afdeling Comptabiliteit van vóór juli 1815 kwamen onder leiding van de Intendant-Generaal van de Administratie van Oorlog.[5]
Koning Willem I gaf begin 1818 opdracht tot hereniging van beide hoofdafdelingen in één departement: het Secretariaat van Oorlog. De hereniging zou voortkomen uit bezuinigingsoverwegingen of omdat de tweedeling tot competentiegeschillen leidde.[6]