In 1830 kreeg prins Frederik de supervisie over zowel het leger als de marine. Het Commissariaat-Generaal van Oorlog werd toen omgezet in de Generale Directie van Oorlog. De directies werden nu vervangen door afdelingen, behalve de Algemene Directie van de Genie. Deze directie werd uit de departementale organisatie getild en verzelfstandigd (in 1840 opgeheven).[1]

Na de afscheiding van België (1839) was aanpassing van de formatie en de organisatie onvermijdelijk. Deze kwam in juli 1841 tot stand. Onder de directeur-generaal en zijn adjudant vielen nu: de secretaris-generaal, het Kabinet (dat geheime zaken behandelde) en vijf afdelingen, genaamd Secretariaat, Personeel, Artillerie, Genie en Administratie. Vrijwel de gehele personeelsbezetting van het departement bestond uit militairen, officieren voor het inhoudelijke werk en onder-officieren als schrijvers.[2]