In 1843 werd de Generale Directie van Oorlog opgewaardeerd tot het Ministerie van Oorlog. Het departementshoofd kreeg de rang en titel van minister toegekend.
Na de afscheiding van België schikte Nederland zich in de rol van kleine mogendheid. Tot 1940 berustte het Nederlandse veiligheidsbeleid op de beginselen van afzijdigheid en neutraliteit. Dit betekende voor de defensie-opzet een verdediging ‘naar alle windstreken' met de nadruk op het belang van vestingen en linies. Het neutraliteitsbeginsel betekende dat het land op eigen kracht, zonder steun van bondgenoten, de defensie organiseerde. Wel rekende men erop dat het land ingeval van een aanval van één van de (toenmalige) grote mogendheden zou kunnen rekenen op de steun van de andere. Daarbij oriënteerde men zich in het bijzonder op Engeland, vanouds gezien als de hoeder van het machtsevenwicht in Europa.[1]
De minister van Oorlog werd bijgestaan door een belangrijk adviesorgaan: het Comité van Defensie. Het orgaan ging adviseren over ‘alle zaken 's Rijks verdediging betreffend of daarmee in verband staande, welke hij daaraan ter overweging zal onderwerpen'.[2] Met name slepende kwesties als de rol van het vestingstelsel bij de landsverdediging en de opzet van de kustverdediging werden aan het Comité voorgelegd. Het Comité fungeerde tot 1868. Vanaf dat jaar speelde de op een nieuwe leest geschoeide Generale Staf een steeds belangrijkere rol bij de voorbereiding van de landsverdediging.[3]
Per 1 januari 1850 werden alle afdelingen (met de bestaansperiode juli 1841– 21 augustus 1849) omgezet in bureaus. Er kwamen twee nieuwe bureaus bij: het Topografisch Bureau en het Bureau van de Inspecteur-Generaal van de Geneeskundige Dienst (beiden tot 1868). In 1878 vond er een reorganisatie plaats. Er kwamen nu acht afdelingen. De secretaris-generaal was hoofd van de afdeling Secretariaat, de andere afdelingen zouden worden geleid door respectievelijk de chef Generale Staf en de inspecteurs of chefs van de desbetreffende wapens of dienstvakken. Al deze functionarissen bleven tevens belast met de leiding van hun wapen of dienstvak.[4]
Al snel bleek deze combinatie van functies weinig gelukkig. In 1880 werd daaraan dan ook een eind gemaakt. Per 1 mei van dat jaar kreeg Oorlog weer een ‘meer gewone inrichting' van het departement. Er kwamen nu zes, later in het jaar zeven afdelingen: Secretariaat, Generale Staf, Personeel, Artillerie, Genie, Intendance, Militie en Schutterij. Daarnaast fungeerde een bureau Secretarie, indices en archieven, waarin onder meer het Kabinet was ondergebracht.[5]