Instelling bij Wet van 13 december 2000. De Raad trad in de plaats van de Centrale Raad voor Strafrechtstoepassing en het College van advies voor de justitiële kinderbescherming.

In 2005 is de toezichthoudende taak van de RSJ op de Dienst Justitiële Inrichtingen en reclasseringsorganisaties verschoven naar de nieuwe Inspectie voor de Sanctietoepassing.