Het Algemeen Secretariaat werd in de jaren 1866-1876 aangeduid als 1e Afdeling Algemeen Secretariaat. Het takenpakket van de voormalige 1e Afdeling (1858 t/m 1866) werd verplaatst naar de 2e Afdeling.[1]

De afdeling had de uitvoering van de Vreemdelingenwet (ingesteld in 1849) onder zich. Het Ministerie van Justitie droeg vanaf het begin de verantwoordelijkheid voor het vreemdelin­genbeleid. Dit hield in het regelen van de toelating en het verblijf, het toezicht, de verwijdering respectievelijk de uitzetting. Het toelatingsbeleid was lange tijd vrij liberaal. Niet-armlastige vreemdelingen met de juiste papieren werd weinig in de weg gelegd om Nederland binnen te komen. Pas vanaf 1849 was het beleid gebaseerd op wetgeving, namelijk de in dat jaar tot stand gekomen Vreemdelingen­wet. Deze wet verplichtte vreemdelingen zich bij aankomst en vertrek bij de plaatselijke politie te melden, teneinde een reis- en verblijfpas te verkrijgen. De wet voorzag ook in procedures om ongewenste vreemdelingen de grens over te zetten.[2]

Daarnaast ondersteunde de 1e afdeling de behandeling tot verzoeken om naturalisatie van 1866 tot 1871. Vóór 1848 was het de Koning die naturalisatie verleende. In 1848 werd in de Grondwet (artikel 7) opgenomen: ‘De wet verklaart wie Nederlanders zijn. Een vreemdeling wordt niet dan door een wet genaturaliseerd’. De eerste wet betreffende het Nederlanderschap dateert van 1850. In de wet van 1850 werd onder meer bepaald dat men Nederlander kon worden door naturalisatie, hetgeen bij wet diende te geschieden. Verzoeken om naturalisatie werden op het Ministerie van Justitie behandeld: na het inwinnen van inlichtingen (‘ambtsberichten’) bij diverse autoriteiten, werd beoordeeld of het verzoek al dan niet voor inwilliging in aanmerking kwam; ingeval van geen bezwaar werd een wetsontwerp opgemaakt (meestal van een aantal personen tegelijk), dat verder de gewone behandeling van een wetsontwerp kreeg.[3]

In 1876 werden de 1e Afdeling en het Algemeen Secretariaat weer los van elkaar georganiseerd, zoals ook het geval was vóór de samenvoeging in 1866.