De Afdeling C. Militaire Zaken werd in 1900 uitgebreid met taken van de marine. In 1908 werd de afdeling gesplitst in twee aparte afdelingen: 1. algemene militaire zaken  en 2. militair personeel.[1]

            De rol van Koloniën bij de defensie van de koloniën was vrij beperkt en lag voor een belangrijk deel in het stellen van het financiële kader. De verantwoordelijk over de marine lag bij de ministers van Marine en Koloniën. De eerste bepaalde welk deel van de vloot in bijvoorbeeld Oost-Indië aanwezig was, maar voor de inzet daarvan was de Gouverneur-Generaal als opperbevelhebber van land- en zeemacht aldaar verantwoordelijk. Ook was de commandant zeemacht in Indië als chef van het Indische departement van Marine ondergeschikt aan de Gouverneur-Generaal (GG) en via deze aan de minister van Koloniën. Alle niet-administratieve correspondentie van de marine in Indië met Nederland verliep via het Ministerie van Koloniën naar dat van Marine, waar de inhoudelijke expertise zat.[2]

            Wat de defensie te land betreft beschikte Indië sinds 1830 over een eigen leger, het Koninklijk Nederlandsch-Indisch Leger (KNIL), dat ressorteerde onder de GG die met het departement overleg voerde over zaken betreffende de formatie en de inrichting van het leger in Nederlands-Indië. De werving voor het KNIL was in Nederland tot 1909 een zaak van het Ministerie van Oorlog, dat daarvoor beschikte over het Koloniaal Werfdepot te Harderwijk. Van 1890 tot 1909 fungeerde tevens het Korps Koloniale Reserve te Nijmegen als werf- en opleidingsdepot. Het Ministerie van Koloniën was verantwoordelijk voor de verscheping naar de koloniën en de verificatie van de administratie van het depot. Na de opheffing van het depot te Harderwijk ging de werving over naar Koloniën, namelijk de Koloniale Reserve.[3]