Eind 1819 besloot Willem I het departement van Waterstaat op te heffen en deze administratie per 1 januari 1820 onder te brengen bij Binnenlandse Zaken, dat nu Binnenlandse Zaken en Waterstaat ging heten. Deze samenvoeging was een van de aanbevelingen van de in augustus 1818 ingestelde geheime staatscommissie-Repelaer. De commissie had als taak gekregen na te gaan hoe de departementen het meest doelmatig en het zuinigst konden worden georganiseerd. Latere voorstellen van deze commissie hadden ook voor Binnenlandse Zaken consequenties, want de interne organisatiestructuur ging op de schop met het KB van 4 september 1823 nr.7.[1]

In september 1823 werd besloten dat de minister bijgestaan werd door een Raad van administrateurs, met de secretaris-generaal (met raadgevende stem) als secretaris. Deze Raad zou wekelijks bijeenkomen om onder voorzitterschap van de minister alle concept-wetten en besluiten met een 'algemeene werking' te bespreken. De administrateurs waren bevoegd rechtstreeks met andere autoriteiten te corresponderen, buiten de minister om, en desgevraagd de Koning te adviseren. Er fungeerden vier administrateurs voor het binnenlands bestuur, waterstaat en publieke werken, armwezen en de gevangenissen, en militie en schutterijen. Voor de geneeskunde werd geen afzonderlijke administratie nodig geacht: dit taakonderdeel werd, nogal merkwaardig, toegewezen aan de afdeling Algemene Zaken.[2]