Periode 1813-1876
Binnenlandse Zaken kende geen afdelingen tot 1876. Wel ressorteerde van 1814 tot 1824 twee bureaus onder het ministerie. Het Eerste Bureau voor politieke en geheime zaken en het Tweede Bureau voor commerciële, financiële en huishoudelijke zaken. In september 1815 kreeg het departementshoofd de titel van minister. Na de samenvoeging met België resideerde het ministerie afwisselend in Den Haag en Brussel. In verband met de grote-mogendheidaspiratie hield Buitenlandse Zaken tijdens het Verenigd Koninkrijk van Willem I een zware diplomatieke vertegenwoordiging in het buitenland in stand. Zo bedroegen de kosten van het gezantschap te Londen in 1815 liefst 100.000 gulden. Dit was het dubbele van het ministerie zelf dat destijds vijftien personeelsleden telde.
Op 4 september 1823 werd een secretaris-generaal aangesteld. Het Eerste en Tweede Bureau werden opgeheven. De administraties van voor de Nationale Nijverheid (1834-1841) en de Rooms-Katholieke Eredienst (1862-1866) vielen tijdelijk onder Buitenlandse Zaken. In 1866 werd het Kabinet ingesteld onder leiding van een ervaren diplomaat.[3]
Periode 1876-1918
Per 1 september 1876 werd onder minister Van der Does de Willebois een belangrijke reorganisatie doorgevoerd. Het was de bedoeling dat de ambtelijke taken beter verdeeld werden. De secretaris-generaal kreeg nu de beschikking over een Algemeen Secretariaat en drie afdelingen: de Eerste afdeling Politieke Zaken, de Tweede afdeling Consulaire- en Handelszaken, en de Derde afdeling Comptabiliteit. Vanaf 1900 fungeerde een Directie van het Protocol. Dit was de opvolger van het vroegere bureau Protocol van het Algemeen Secretariaat.
In 1875 werd de Leidse jurist T.M.C. Asser als raadadviseur bij het ministerie aangesteld. Hij hield zich bezig met aangelegenheden van internationaal recht. Rond de eeuwwisseling verkreeg Nederland internationaal een zeker prestige, waardoor in Den Haag een tweetal vredesconferenties (1899, 1907) werd gehouden. In 1913 werd het Vredespaleis gevestigd.[4]
Periode 1918-1940
Onder de in 1918 nieuw aangetreden minister H.A.van Karnebeek werd bij Buitenlandse Zaken een reorganisatie doorgevoerd. Deze organisatie bleef in grote lijnen ongewijzigd tot 1940. Daarbij bleef de verdeling in afdelingen op basis van inhoudelijke taakverdeling het uitgangspunt (onderscheid tussen politiek en economie taken). Van Karnebeek richtte najaar 1918 een nieuwe Directie van Economische Zaken (DEZ) op.
In de jaren 1919 en 1920 werd ook de andere beleidsafdeling gereorganiseerd. Er kwam nu een afdeling Diplomatieke Zaken en een afdeling Juridische Zaken. Begin 1920 was Nederland, zonder veel geestdrift, toegetreden tot de Volkenbond. Op het Ministerie van Buitenlandse Zaken leidde dit in 1921 tot de instelling van een nieuwe afdeling Volkenbondzaken. Hierdoor werd de functionele structuur in de organisatie doorbroken: aangelegenheden die in de Volkenbond aan de orde kwamen, hadden namelijk raakvlakken met alle hiervoor genoemde beleidsafdelingen.
Begin jaren 1930 was er een toenemende kritiek vanuit het bedrijfsleven over de behandeling door Buitenlandse Zaken van handelspolitieke zaken. Daarom werd de beleidsverantwoordelijkheid voor de buitenlandse economische betrekkingen in 1933 geconcentreerd bij het Ministerie van Economische Zaken.[5]
